準(zhǔn)備工作就緒后，就進(jìn)入具體操作環(huán)節(jié)。不論是先進(jìn)（出）口后結(jié)算還是先結(jié)算后進(jìn)（出）口的情形，一個(gè)大前提就是，企業(yè)必須要與外方簽訂人民幣計(jì)價(jià)結(jié)算的貿(mào)易合同，并按合同約定進(jìn)行生產(chǎn)和交貨。
在這一前提下，前者的具體操作順序?yàn)椋菏紫劝春贤?guī)定及貨物裝船到（發(fā)）貨的情況，以人民幣向海關(guān)報(bào)關(guān)；其次憑發(fā)票、增值稅發(fā)票和出口報(bào)關(guān)單退稅聯(lián)（需要退稅的需在海關(guān)打?。┫虍?dāng)?shù)囟悇?wù)機(jī)關(guān)辦理出口免抵退稅的申報(bào)；最后，企業(yè)向銀行提供合同、發(fā)票、“跨境貿(mào)易人民幣結(jié)算出口收款說(shuō)明”或“跨境貿(mào)易人民幣結(jié)算進(jìn)口付款說(shuō)明”，在銀行辦理收款入賬或付款。銀行按規(guī)定將相關(guān)信息報(bào)送管理系統(tǒng)。
對(duì)后一種情形而言，企業(yè)首先要向銀行提供合同、發(fā)票、進(jìn)（出）口收（付）款說(shuō)明，在銀行辦理收款入賬或付款（進(jìn)口預(yù)付或出口預(yù)收）；其次按合同規(guī)定及貨物裝船到（發(fā)）貨的情況，企業(yè)以人民幣向海關(guān)報(bào)關(guān)，企業(yè)實(shí)際報(bào)關(guān)時(shí)間與預(yù)計(jì)報(bào)關(guān)時(shí)間不一致時(shí)，應(yīng)通知銀行，由銀行向管理系統(tǒng)報(bào)送相關(guān)更新信息；第三，憑出口發(fā)票、增值稅發(fā)票和出口報(bào)關(guān)單退稅聯(lián)（需要退稅的需在海關(guān)打印）向當(dāng)?shù)囟悇?wù)機(jī)關(guān)辦理出口免抵退稅的申報(bào)。
上海漢森投資發(fā)展有限公司總會(huì)計(jì)師陳金姝提醒說(shuō)，企業(yè)在跨境人民幣結(jié)算業(yè)務(wù)操作過(guò)程中，有以下三個(gè)環(huán)節(jié)需要特別注意：
在出口報(bào)關(guān)環(huán)節(jié)中，企業(yè)向海關(guān)遞交的資料包括以人民幣結(jié)算的外銷(xiāo)發(fā)票、裝箱單、報(bào)關(guān)預(yù)錄單和報(bào)關(guān)委托書(shū)，但無(wú)需領(lǐng)用出口核銷(xiāo)單；收款環(huán)節(jié)，由于跨境貿(mào)易人民幣結(jié)算不納入外匯核銷(xiāo)管理，因此銀行不出具出口收匯核銷(xiāo)聯(lián)，但收到貨款時(shí)仍需要進(jìn)行網(wǎng)上國(guó)際收支申報(bào)；退稅環(huán)節(jié)中，所需遞交的書(shū)面材料及辦理程序與其他外幣結(jié)算的出口業(yè)務(wù)完全相同，且無(wú)需上交核銷(xiāo)單退稅聯(lián)。但要注意的是，由于目前外貿(mào)企業(yè)退（免）稅申報(bào)系統(tǒng)只能按照“美元”錄入，所以企業(yè)在申報(bào)時(shí)要先將人民幣折合成美元，然后進(jìn)行錄入。另外，在出口貨物明細(xì)申報(bào)錄入時(shí)，企業(yè)要在備注欄上增加相應(yīng)的備注，如“KJMY”（跨境貿(mào)易縮寫(xiě)）。
履行完上述程序，企業(yè)可以將剩下的業(yè)務(wù)交給銀行。中國(guó)銀行公司金融總部（國(guó)際結(jié)算）總經(jīng)理程軍受訪時(shí)介紹說(shuō)，人民幣跨境清算可自由選擇兩條路徑，一是通過(guò)香港、澳門(mén)地區(qū)人民幣業(yè)務(wù)清算行（中銀香港和澳門(mén)分行分別是目前香港和澳門(mén)地區(qū)唯一清算行）進(jìn)行人民幣資金的跨境結(jié)算和清算；二是通過(guò)境內(nèi)商業(yè)銀行（如中國(guó)銀行上海分行）代理境外商業(yè)銀行進(jìn)行人民幣資金的跨境結(jié)算和清算。
“對(duì)境內(nèi)企業(yè)而言，主要選擇的是為其提供服務(wù)的結(jié)算銀行。結(jié)算銀行之間為企業(yè)實(shí)現(xiàn)資金劃撥時(shí)主要考慮結(jié)算銀行的人民幣清算賬戶(hù)開(kāi)在境內(nèi)代理行還是港澳清算行?！背誊娬f(shuō)，“一般而言，結(jié)算銀行會(huì)為企業(yè)提供最為快捷便利的清算渠道。國(guó)際結(jié)算專(zhuān)業(yè)能力較強(qiáng)和清算渠道布局較好的結(jié)算銀行會(huì)為企業(yè)提供更為優(yōu)質(zhì)的服務(wù)。”